El sector salud al igual que el sector educación están pasando por una difícil situación, se reporta en los medios de comunicación actos ilícitos relacionados con la perdida de millonarias cantidades de medicamentos en los almacenes de los hospitales, mafias que controlan internamente y transan con las personas que fallecen, compra de medicamentos sobrevalorados, abuso e irrespeto para los portadores de derechos y otros más. El Estado de Honduras ha aceptado esta situación y ha declarado que el Sistema de Salud en Honduras ha colapsado y ha tomado medidas de política para tratar de resolverlo. Una de las medidas es la Descentralización de los Servicios de Salud a nivel de CESAR y CESAMO. En el Departamento de La Paz por ejemplo, están descentralizados los CESAMO y CESAR en el Municipio de Santiago Puringla; además para mejorar esta situación se han firmado convenios para a administración descentralizad de Hospitales bajo la figura de Comodato, como es el caso del Hospital de San Lorenzo en el Departamento de Valle o la Firma del Compromisos de Gestión por Resultados entre la Secretaria de Salud y las Direcciones de los Hospitales centralizados. El Nuevo Modelo de Salud considera que para tener buenos resultados es necesario que la comunidad se incorpore al proceso de Modernización del Sector y abre los espacios para que la Sociedad Civil y las Instancias de Auditoría Social tales como Comisiones Ciudadanas de Transparencia, Comisionados Municipales y otras instancias puedan intervenir en el proceso.